Bakterier har også deres naturlige fjender og meget ofte kapitulerer til angrebet af fjender meget mindre end dem, så mikroskopiske og enkle, at de ikke engang kan betragtes som levende organismer. Vi taler om nogle vira, der kaldes bakteriofager, som udnytter bakterieceller til at replikere sig selv. En virus kan i virkeligheden i modsætning til bakterier ikke betragtes som en levende organisme, da den ikke kan replikere sig selv; det siges i denne forstand, at virus er obligatoriske parasitter, netop fordi de skal udnytte andre celler til at reproducere.
Når den udnyttede celle er den menneskelige, skaber virusserne en vis skade på organismen; Men når en patogen bakteriel celle udnyttes for mennesker, kan bakteriofager blive allierede af vores helbred; og kunne blive endnu mere i fremtiden set i lyset af det voksende problem med narkotikabestandighed og den deraf følgende bakterielle ufølsomhed overfor antibiotika.
Disse "naturlige stoffer" er også særligt billige, da fag er den største biologiske enhed på Jorden. De er også meget specifikke, da hver bakteriofag virker på en bestemt måde på en bakterieart eller endda i retning af specifikke stammer; Derfor skal blandingen af fag, der anvendes til behandling af en sygdom, være særdeles specifik for den enkelte patient, en slags omhyggeligt kalibreret cocktail efter forståelse af hvilke bakterier der forårsager infektionen. Denne hyper-selektive tilgang komplicerer den terapeutiske anvendelse af bakteriofager på den ene side, men på den anden side undgår man at dræbe gode bakterier, hvilket er en almindelig bivirkning ved traditionelle bredspektret antibiotiske terapier. Derfor ødelægger fagaktionen ikke tarmens mikroflora og derved undgår forekomsten af bivirkninger som diarré og opportunistiske sekundære infektioner.
Den terapeutiske anvendelse af bakteriofager udviklede sig i første halvdel af det sidste århundrede i det tidligere Sovjetunionen, især i Georgien takket være forskning fra George Eliava. I Vesten blev videnskabelig interesse for fagbehandling dæmpet af adventen af antibiotika, men har for nylig genvundet netop på grund af den fornyede interesse for alternative terapier. FDA har for eksempel godkendt tilsætningen af specifikke fager til Salmonella og Escherichia Coli i forskellige fødevareprodukter. I akvakulturbrug er fager allerede brugt i dag som et gyldigt alternativ til brugen af antibiotika.
Ud over bakteriofagerne i toto kan de våben, hvormed disse vira vinder bakterieforsvaret, for eksempel lysinerne, der kan gøre brud i bakteriens væg, også anvendes. Desuden har gentekniske teknikker allerede skabt "super phages", der er i stand til at angribe og lysere flere bakteriearter.
Med hensyn til sundhedsfarer, hvis terapien er velafbalanceret er disse næsten ikkeeksisterende. Den menneskelige organisme er faktisk specielt vant til at beskæftige sig med fag, som findes overalt, i alt, hvad vi rører, spiser eller drikker. Udvidelsen af fagene i den menneskelige organisme afhænger desuden af omfanget af den infektiøse bakteriepopulation: da sidstnævnte falder på grund af fagernes virkning, reducerer vira deres koncentration også. Dette betyder blandt andet, at når en dosis fager injiceres i kroppen, udvikler disse vira hurtigt og øger deres bakteriedræbende effektivitet over tid (i modsætning til antibiotika, for hvilke der kræves boosterdoser). Ikke kun det faktum, at fagerne dræber de bakterielle cellegenererende cellulære fragmenter, gør deres handling bringe det humane immunsystem til at aktivere med større intensitet; Bare tænk for eksempel på fragmenter af LPS (lipopolysaccharid), der kommer fra den nedbrudte bakterievæg.
Potentielle sundhedsfarer omfatter den mulige tilstedeværelse af bakterielle toksiner i fagpræparatet og overførsel af bakteriegener mellem virulente stammer. I dag ved vi faktisk, at fager er ansvarlige for de fleste sygdomme forbundet med toksiner; dette skyldes, at fager replikerer inden i bakteriecellen for at producere og / eller frigive toksiner, der forårsager de typiske symptomer på mange sygdomme; dette er f.eks. tilfældet med pertussis, skarlagensfeber og kolera. Desuden kan lysis af nogle bakteriearter føre til frigivelse af store mængder endotoksiner, der ud over bestemte grænser går fra at stimulere immunsystemet til hyperaktivering af det, indtil der opstår et giftigt chok på grund af den enorme stigning i produktionen af cytokiner inflammatoriske. Denne hindring kan overvindes ved gentekniske teknikker med det formål at fratage bakteriofagen af de gener, der er nødvendige til syntesen af lysin; dette begrænser også replikationen af fager, da uden virussin virusene replikeres inden i bakteriekellen ikke kan undslippe. Det andet problem løses på den anden side ved at undgå anvendelse af lysogene cyklusfager, da disse som nævnt kunne favorisere problemet med antibiotikaresistens frem for at løse det.
