Patogenesen undersøger udviklingen af en sygdom og den kæde af hændelser, der er forbundet med den, hvilke trin for trin bestemmer morfofunktionelle ændringer af cellerne og vævene, der tilhører de berørte organer. Disse ændringer kan skyldes kemiske, fysiske eller biologiske agenser (vira, bakterier osv.).
Mens etiologien definerer årsagerne, undersøger patogenesen dens konsekvenser.
Ved læsning af medicinske tekster kan vi derfor komme på tværs af dem i form af: mikrobiell patogenese, inflammatorisk patogenese, viral patogenese, malign patogenese (tendens til en sygdom, generelt tumor, forværring progressivt for at blive potentielt dødelig). Mange sygdomme genkender forskellige årsagsfaktorer (multifaktoriel ætiologi) og endnu flere er karakteriseret ved forskellige evolutionære mekanismer (multiple patogenese).
