I rejsende kan den bakterielle flora, der normalt forekommer i tarmkanalen, undergå hurtig forandring, der kommer i kontakt med "ukendte" bakterier, der forsøger at kolonisere det. Den første årsag til rejsendes diarré er faktisk repræsenteret af patogene stoffer som bakterier, vira og parasitter, der er i stand til at overvinde hindringerne for forsvar og inficere vores organisme. Andre faktorer kan dog øge chancen for at opleve rejsende diarré.
Rejsendes diarré kan opstå på grund af klimaændringerne og temperaturen, stressen af rejsen og den forskellige diæt. Normalt er det mere sandsynligt at indgå denne lidelse i varme fugtige omgivelser, der er kendetegnet ved dårlige hygiejneforhold. Under opholdet i de områder, der er størst risiko, skal der træffes passende forholdsregler ved forbrug af vand, drikkevarer og fødevarer, der kan være forurenet. Desuden kan fluer virke som passive vektorer af smitsomme stoffer, idet de tager dem fra en fødevare til en anden. Vær også opmærksom på at bade og ikke bruge ledningsvand, ikke engang at børste tænderne. Selv de rejsendes egenskaber er afgørende, såsom alder og tidligere patologiske forhold. Specielt er de, der er immunosuppressive eller på terapi med lægemidler, der nedsætter mavesyre (f.eks. Ranitidin, omeprazol osv.) Mere udsatte for risikoen for at få infektioner af denne type.
