Marburg-virusets nøjagtige oprindelse er stadig ukendt. I øjeblikket menes det, at sygdommen, som den er ansvarlig for, kan være en zoonose, der opretholdes af et eller flere indfødte dyr på det afrikanske kontinent. Den hidtidige forskning har imidlertid ikke gjort det muligt at identificere sygdommens naturlige reservoir, selv om mange hvirveldyr og leddyr er blevet analyseret.
Ifølge Verdenssundhedsorganisationen er mennesker ikke en del af virusets naturlige cyklus, så smitte vil i grunden komme fra tilfældig kontakt med en anden inficeret primat. Faktisk er transmissionen gennem nogle arter af aber dokumenteret, sandsynligvis som "forstærker værter" for Marburg-viruset. Endvidere antyder nogle beviser, at primater igen kan inficeres ved udsættelse for flagermus .
