Lugten af fæces er hovedsageligt forbundet med putrefaktive processer, der påvirker de aminosyrer, der har undslået intestinal absorption. Disse næringsstoffer opfanges faktisk af tyktarmsbakterier, som gennemgår en decarboxyleringsproces, der frembringer følgende toksiske aminer:
arginin → agmatin
cystin og cystein → mercaptan
histidin → histamin
lysin → cadaverine
ornithin → putrescin
tyrosin → tiratina
tryptophan → indol og scatol
Mange af disse stoffer giver fæces en særlig ubehagelig lugt.
Diarré og fæces af vegetarerne er dårligt ildelugtende.
Afføring med lugten af fisk eller sæd er karakteristisk for bacillær dysenteri, kolera og mere generelt af mucorré.
Sammenfattende påvirkes fedtets lugt derfor af kostvaner (mængde proteiner, aromatiske fødevarer som hvidløg eller løg mv.), Tarmbakteriel flora, sundhedstilstand og særlige vaner (såsom rygning eller tyggetobak) . I almindelighed hjælper forbruget af små og velafbalancerede måltider uden at forbinde vigtige mængder "uforenelige" fødevarer (se dissocieret kost), at optimere fordøjelsesprocesserne, reducere forekomsten af lidelser som meteorisme og flatulens og give fæces en lugt sui generis.
Hvert tilfælde, hvor den dårlige lugt af fæces ledsages af symptomer som sort, tarry eller bleg afføring, tilstedeværelsen af blod i dem, feber, kulderystelser, kraftige mavesmerter, rigeligt slim i fæces og vægttab.