Ved brug kommer kontaktlinser i kontakt med forskellige stoffer, der udgør tearfilmen, herunder proteiner (lysozym, albuminer, mucopolysulfider, fibronectin osv.). Over tid holder disse sig fast på linsens overflade og kan denaturere, hvilket reducerer fugtighedsgraden og hydrofiliciteten. Dette gør disse enheder mindre komfortable end de burde være, samt forårsager atopiske reaktioner, såsom papillær konjunktivitis og øjenrødhed . Desuden skaber proteinerne klæbet til linserne små pletter, der gør visionen sløret .
For at fjerne proteinaflejringer fra linserne er det derfor vigtigt at rengøre med detergenter og proteolytiske enzymprodukter, der skal udføres regelmæssigt. Disse opløsninger er i stand til at bryde bindingerne mellem proteinmolekyler (endnu ikke denatureret), der således kan skylles væk fra linsen.
Et alternativ er at bruge engangs kontaktlinser : Disse er faktisk ændret og smidt væk, når de anvendes, før der kan dannes en konsistent akkumulering af proteinmateriale.
