Den sundhedscheck, der er etableret for aviær influenza af de kompetente enheder, er ikke kun forbundet med den økonomiske virkning som følge af dyredød, men rejser også særlige bekymringer for folkesundheden . Hvad mest bekymrer eksperter er, at nye virale subtyper bliver i stand til at forårsage sygdom hos mennesker og frem for alt at blive overført fra person til person. Influenzavira, der tilhører type A, undergår faktisk fænomener med genetisk omlægning med høj frekvens; Dette giver en bemærkelsesværdig kapacitet til tilpasning til nye gæster og bestemmer det fortsatte udseende af nye virale stammer . Disse mutationer kan forekomme, for eksempel når en human virus og en aviær virus "udveksler" deres genetiske arv eller når viruset passerer fra en dyreart til en anden (passagen fra fugle til gris er særlig farlig). Der er derfor mulighed for, at fra en dyrecank kan der opstå en ny virus, for hvilken mennesket er modtageligt (som det skete i forrige århundrede, for eksempel med spanskerne fra virus A-H1N1 fra 1919 eller asien fra A-H2N2 fra 1957).
Den endelige overførsel mellem mennesker vil gøre det muligt for sygdommen at sprede sig globalt og dermed forårsage en pandemi for aviær influenza . I øjeblikket forbliver vira med det højeste pandemiske potentiale H5N1 og H7N9, idet de fortsætter med at cirkulere blandt kyllinger og kan forårsage alvorlig sygdom hos mennesker. Andre virusundertyper kan udløse en pandemi, men risikoen betragtes som lavere.
