I dag betyder " karantæne " en isolationsperiode med variabel varighed, der anvendes som en sikkerhedsforanstaltning i tilfælde af særlig smitsomme sygdomme.
Oprindelsen af denne praksis stammer fra ankomsten af den sorte pest . Ifølge et originalt dokument dateret 1377 blev de skibe, der ankom til Ragusa (Dubrovnik), tvunget til at blive 30 dage fra havnen, inden de kunne gå afsted og vente på at se, om symptomerne på sygdommen kunne ses i besætningen.
Omkring samme tid udstedte Venedig også en række foranstaltninger til at dæmpe pestens spredning: Isolationen blev forlænget til 40 dage og blev kaldt af de venetianske myndigheder "karantæne" (på italiensk: fyrre).
Efter denne tid blev det faktisk antaget, at en person, der lider af pest, ikke længere var smitsom. I virkeligheden blev sygdommen spredt af gnavere lopper, og denne forebyggende foranstaltning mod sygdommen var ubrugelig.
Før og efter pesten lå andre sygdomme til karantæne, såsom spedalskhed, syfilis, gul feber og kolera.
