Kaffefrø, under industriel forarbejdning, kan også anvendes til fremstilling af koffeinfri kaffe. Denne proces kaldes decaffeination, finder sted, når frøene stadig er grønne og ikke efter ristning. Mange metoder kan anvendes til at fjerne koffein fra kaffe, men alle omfatter neddypning af grønne frø i varmt vand (en proces kendt som schweizisk vandproces) eller damp; på dette tidspunkt tilsættes opløsningsmidler, der opløser og separerer olierne indeholdende koffein fra frøene. Decaffeination anvendes ofte af kaffeprocessorer, der som en kilde til tillægsindtægt sælger koffein til farmaceutiske virksomheder.
