Sandsynligheden for overførsel af toxoplasmose til fosteret varierer alt efter svangerskabsperioden, hvor moderen har kontraheret infektionen: risikoen er lav i begyndelsen af graviditeten og stiger med tidenes forløb. Tværtimod er sværhedsgraden af skaden, der er rapporteret af barnet, større, så snart maternal-føtal transmission finder sted. I tilfælde af infektion, der er indgået inden for den sekste måned af svangerskabsperioden, kan en spontan abort, en for tidlig fødsel eller fødselsfosteret frembyde chorioretinitis, hydrocephalus (eller mikrocephaly) og intrakranielle forkalkninger. Disse neurologiske tegn kan være forbundet med hududbrud, atrofi af optisk nerve, nystagmus, gulsot, myocarditis og lungebetændelse.
I tilfælde af sandsynlig og fastslået maternal toxoplasmosis fra Toxo testen, for at vide, om Toxoplasma gondii faktisk har krydset placenta barrieren og inficeret barnet, er en amniocentese indikeret (ikke før den 15. uge af graviditeten). Prøven af fostervæske taget under undersøgelsen og udsat for PCR (polymerasekædereaktion) gør det muligt at bekræfte den mulige tilstedeværelse af parasitets DNA, og dermed diagnosticere føtale infektion. På den anden side kan echografisk overvågning vise klare tegn på fosterskader (intrakranielle forkalkninger, hydrocephalus, hepatomegali, intrauterin væksthæmning). Efter fødslen bekræftes mistanken om medfødt toxoplasmose i det væsentlige ved serologiske undersøgelser og ved tilstedeværelsen af tegn på sygdom, der kan forekomme endnu år senere, især i mangel af terapi.
