Hos dyr varierer aviær influenzasymtomatologien både i forhold til den virale stamme, der er involveret i infektionen og til de berørte arter. Især hos fugle har infektionen et godartet kursus, hvis det skyldes lavpatogene vira, der tilhører alle H-subtyperne ( LPAI - lavpatogen aviær indflydelse ). Sygdommen forårsaget af LPAI-virus er lokaliseret og karakteriseret ved respiratoriske og enteriske symptomer, der ofte er forbundet med generel utilpashed, tåre- og reproduktive abnormiteter hos husdyr (f.eks. Ægændringer og nedsat æglægning).
I modsætning hertil kan nogle virale stammer tilhørende subtyperne H5 og H7 forårsage højpatogen aviær influenza ( HPAI - High pathogenic avian Influence ), en altid systemisk og alvorlig sygdom, der er forbundet med høj dødelighed mellem nogle arter af vildt og tamfugle. De mest tydelige symptomer er i nervesystemet, med depression af den sensoriske, bagudvendte rotation af hovedet og lammelse af vingerne.
