I øjeblikket er en vaccine eller et lægemiddel til profylakse mod afrikansk trypanosomiasis ikke tilgængelig. Forebyggende foranstaltninger har derfor til formål at minimere kontakt med ts-fluer.
For det første bør de angrebne områder undgås. Tsetse flyve er mindre aktiv i de varmeste timer på dagen, men kan angribe hvis irriteret. Det skal huskes, at dette insekt er tiltrukket af bevægelige genstande og lyse eller mørke farver; han kan også stikke med lette tøj. Derfor anbefales det at bære skjorter og bukser, der dækker lemmerne så meget som muligt; især tøj af modstandsdygtige materialer og neutrale farver, der blander sig med miljøet, skal foretrækkes. Anvendelsen af repellenter på tøj kan også være nyttigt. Sværme af tse-tse fluer kan følge bevægelige køretøjer, så det er bedst at lukke bilvinduerne for at forhindre dem i at invadere kabinen.
Kampen mod vektorinsektionen kan udføres på miljøniveau med ødelæggelse af levesteder til reproduktion, anvendelse af insekticider og fælder (bedre hvis imprægneret med permethrin) i beskyttelsesstederne for ts-fluer (savanneskrubbe) og vegetation langs vandløbene) og behandlingen af de parasiterede personer (infektionsbron for bærerne).
