Den stærke surhed i mavens indhold gør maven til et særligt fjendtligt miljø for virus og bakterier. Kun en art, Helicobacter pylori, formår at overleve stabilt og kolonisere den menneskelige maveslimhinde. For resten bliver de fleste indtagne mikroorganismer hurtigt ødelagt inden for få minutter.
Flere in vitro-undersøgelser har vist, at pH-værdien for en bred og effektiv bakteriedræbende virkning skal være særlig lav. Specielt dræber en pH på eller mindre end 2, 0 alle bakterier; Imidlertid er der kun en lignende surhed i maven i fastende forhold, mens måltiderne (det vigtigste køretøj med hvilket bakterier trænger ind i maven) midlertidigt hæver pH til værdier på 4-5 efter måltider.
Det er også nødvendigt at overveje tidsfaktoren, da jo lavere pH og mindre tid er nødvendig for at opnå en fuldstændig bakteriedræbende virkning og omvendt. Imidlertid har pH-værdier over 3, 5 en meget lav bakteriedræbende virkning, medens en pH over 4 har en nul baktericid virkning.
Nylige videnskabelige data viser, hvordan bakteriedræbende aktivitet bestemmes - udover mavesyre - også ved pepsin (et proteolytisk enzym involveret i proteinfordøjelse). Visse antibiotiske aktiviteter udøves også af visse enzymer til stede i mavesaft, såsom defensiner og lactoferrin.
På mikrobialfronten kan overlevelsen af de forskellige mikroorganismer mod den bakteriedræbende aktivitet af mavesaften begunstiges af forbindelsen med nogle fødevarebestanddele; for eksempel har det vist sig, at virulensen af salmonella er klart overlegen, når den indføres i fordøjelseskanalen med proteinfødevarer (f.eks. æg eller kød) forurenet.
Det er klart, at selv brugen af antacida lægemidler eller protonpumpeinhibitorer, der sænker gastrisk pH, fremmer bakteriernes overlevelse i maven. Da bakteriebelastningen (antal indtagne bakterier) øges, vil sandsynligheden for, at nogle mikroorganismer vil overleve, også øges.
Problemet med toksiner og sporer skal også overvejes. Toksiner er stoffer produceret af bakterier eller deres bestanddele, hvilket kan skabe skader (madforgiftning), selvom bakterien dræbes af mavesyre. Sporer er i stedet hvilende former, hvor nogle bakterier trækker sig tilbage, når miljøforholdene er ugunstige, kun for at blive reaktiveret så snart omstændighederne tillader det; Sporene af Clostridium difficile overskrider for eksempel mavesyren intakt og spiser derefter i maven.
Sammenlignet med bakterier har virus generelt en større chance for at overleve det sure miljø i maven. Ikke overraskende er vira involveret i slægten Norovirus (Norwalk virus), Rotavirus, Astrovirus og Adenovirus ofte involveret i forekomsten af infektiøse diarréformer (viral gastroenteritis).
