I immunokompetente forsøgspersoner kræves der generelt ingen specifik behandling for toxoplasmose . Sygdommen løsner næsten altid spontant inden for få måneder; om nødvendigt er det muligt at vedtage symptomatiske terapier.
Hos immundepressede personer og i medfødte former indikeres behandling med en kombination af pyrimethamin og sulfadiazin kombineret med folinsyre (dvs. 5-methyl-tetrahydrofolat: folinsyre omdannet til tetrahydrofolat og tilsat en methylgruppe) til at indeholde risici for skade mod antagonisme med folater (herunder myelosuppression). Desuden bør corticosteroider gives til patienter med okulær toksoplasmose .
Hvad angår den gravide kvinde med primær infektion, kan antibiotikabehandling reducere faren for fosterskader. Specielt er spiramycin ordineret, hvis toxoplasmose er blevet kontraheret i løbet af første trimester (godt tolereret og uden toksicitet for fosteret, da det ikke går over placenta) eller kombinationen af sulfadiazin, pyrimethamin og folinsyre. Denne sidste terapeutiske ordning er teoretisk mere effektiv, hvis fosteret allerede er inficeret, men er mere toksisk (pyrimethamin bør ikke anvendes i første trimester, da det er teratogent). Denne behandling skal derfor udføres under streng lægeovervågning og kræver konstant overvågning af blodtællingen.