Ud over individuelle beskyttelsesforanstaltninger og luftfartsselskabets miljøkontrol kan japansk encefalitis forebygges ved vaccination.
Ixiaro-vaccinen, som allerede er godkendt af FDA (Food and Drug Administration) i USA og godkendt af EMEA (Det Europæiske Lægemiddelagentur), administreres intramuskulært i deltoidregionen (overarm), i 2 doser, den anden af som inokuleres 4 uger efter den første. Til god aktiv immunisering skal vaccinationsforløbet være afsluttet mindst en uge før mulig kontakt med den japanske encefalitisvirus.
Den japanske encefalitisvaccine anbefales til rejsende, som i lang tid forbliver udendørs i endemiske områder, i løbet af den sæson, hvor overførslen af infektionen er mest sandsynlig; Det er dog ikke angivet for personer under 18 år under graviditet og under amning.
