Feces pH er normalt neutral eller svagt alkalisk (6, 8 - 7, 5). Mere sure afføring, fysiologiske kun hos nyfødte, kan indikere intestinale infektioner (Escherichia coli, Rotavirus) eller fordøjelsesforstyrrelser, såsom lactose eller fedtintolerance (steatorrhea fra bugspytkirtelsvigt eller galde stasis).
Hvis pH-værdien i fæces tendens til at stige i nærvær af putrefaktiv dysbiose, har den tendens til at gå ned i nærvær af fermentativ dysbiose, hvis oprindelsesårsager findes i overdreven indtagelse af kulhydrater eller en dårlig absorption af det samme (coeliaki) . Selv i tilstedeværelsen af rigeligt lipidindtag, i vegetariske kost og langvarig fastning bliver feces pH sur.
For at undgå forvridning af resultaterne af undersøgelsen må fæces ikke forurenes med urin og skal hurtigt afkøles for at forhindre ammoniak i urin og putrefaktive bakterier i at gøre fækal pH-værdien alkalisk.